Сюжет игры разворачивается задолго до событий первой части игры "Lost Planet: Extreme Condition" (2006). На планету E.D.N. III прибывает первая группа колонистов, которая должна сделать эту землю пригодной для жилья.
Играя за главного героя, игроку предстоит разыскивать источники термальной энергии, попутно сражаясь с полчищами акридов, и узнавать новые тайны не очень гостеприимной планеты.