События игры разворачиваются в секторе Аврелия — звездном скоплении, расположенном на краю Империума людей. Здесь небольшим силам Космодесанта ордена "Кровавые вороны" придется сразиться с разнообразными врагами человечества: Эльдарами, Орками и Тиранидами — расой насекомоподобных существ, имеющие коллективный разум, сознание которого сосредоточенны во флотах-ульях, нацеленное на непрерывное поглощение биологического материала целых планет для совершенствования собственного генокода.
Одиночная компания Dawn of War II представляет собой тактическое сражения с элементами РПГ (без всякого строительства баз и добычи ресурсов), где игрок от миссии к миссии выполняет определенные задачи, при этом управляет буквально четырьмя отрядами по 3-4 человека и даже одиночными юнитами, а также прокачивает способности своих бойцов, улучшает их экипировку и оружие.