Игра начинается с приключений еще юной Лары Крофт в Камбодже с её наставником Вернером Фон Кроем в поисках артефакта Ириса. К сожалению, Вернер Фон Крой погибает, а Ларе приходится прекратить поиски, чтобы не последовать участи наставника.
Уже в наши дни, спустя 15 лет после трагического происшествия в Камбодже, Лара, путешествуя по Египту, случайно пробуждает и выпускает на свободу злобного духа бога Сета. Как выясняется позже, теперь Ларе придется вести не только борьбу против зла, но еще и гнаться наперегонки со временем, так как пробудившийся бог собирается устроить Апокалипсис на Земле.