Сюжет игры сосредоточен на истории Соула — оперативника элитного подразделения, которого обвиняют в убийстве собственного наставника. После неудачной попытки побега тяжело раненый герой оказывается на грани гибели, но получает шанс на месть благодаря вмешательству таинственного лекаря.
Цена спасения оказывается высокой: жизнь героя поддерживается особым эликсиром, действие которого ограничено 66 днями. За этот срок игроку предстоит выследить настоящих заговорщиков, столкнуться с бывшими союзниками и сразиться с механизированными чудовищами, наводнившими земли Фантомного мира.