В 2039 году, спустя двадцать пять лет после ядерной войны, выжившие в московском метро наконец объединились под властью фанатичного лидера по имени Хантер. Его режим держится на пропаганде и страхе, готовя людей к новому походу на поверхность против неизвестной угрозы.
Главный герой — отшельник по прозвищу Чужак — живёт за пределами города, мучаясь тяжёлыми кошмарами. Когда прошлое настигает его, он вынужден вернуться в разрушенную Москву, в те самые туннели, куда поклялся никогда не спускаться.