Знаменитый доктор Айболит прерывает свой отдых, чтобы спасти обитателей Африки от внезапной и опасной эпидемии. Оставив привычные дела, он вместе со своими верными спутниками отправляется к берегам реки Лимпопо.
На месте выясняется, что за распространением таинственной болезни стоит коварный разбойник Бармалей. Однако в противостояние вмешивается неожиданная третья сторона — дочь пирата по имени Лея. Девочка ловит зверей для личного зоопарка, но знакомство с самоотверженным врачом заставляет её переосмыслить свои поступки. Лея решает помочь Айболиту в борьбе с вирусом и берется за непростую задачу — перевоспитание собственного отца.