Спустя шесть месяцев после событий игры "Batman: Arkham Origins" 2013 года в Готэме появляется суперзлодей Крысиный король, который намеревается устроить в городе свои порядки и с помощью своей банды начинает охоту на сотрудников правоохранительных органов. Ни полицейские, ни Бэтмен не знают кто скрывается за маской Короля, и где его искать. Тогда Бэтмен решает внедрится в криминальную среду в образе преступника Патрика Мэлоуна, чтобы выяснить, а может кто-то из бандитов знает что-то про Короля крыс.