Сюжетная линия является связующим звеном между играми "Assassin`s Creed II" (2009) и "Assassin`s Creed: Братство крови" (2010).
После разрушения Монтериггиони в 1550 году Эцио встречается с Леонардо да Винчи, чтобы собрать информацию о сыне Папы Римского Чезаре Борджиа. Леонардо поясняет Эцио, как Чазаре достиг вершин власти.