Сиквел начнется с того момента, на котором завершился первый фильм, где Боузер превратился в свою миниатюрную версию. В новой истории Марио, Луиджи и Принцесса Пич отправятся в галактику, путешествуя по разным мирам из знаменитой видеоигры.