Сюжет строится вокруг Наруто Узумаки и реформы правил джинчурики в Деревне Скрытого Листа. Эти изменения напрямую влияют на устройство Конохи и уклад жизни шиноби. Параллельно раскрывается измененная предыстория Сакуры, а мир ниндзя сталкивается в прямом противостоянии с бойцами из вселенной NINKU.