Родился Джон Фавро в городе Флашинг (штат Нью-Йорк) 19 октября 1966 года в семье итало-американца и еврейки. В 1978 году мать Джона - Мадлен Фавро умерла от Лейкемии. В 1984 году, окончив среднюю школу Бронкса, Джонатан поступает в Квинс-колледж, который бросает три года спустя. Поработав чуть менее года в компании Bear Stearns, в 1988 году Джонатан возвращается назад в колледж. Однако на этот раз его хватает всего на один семестр, после чего он в очередной раз покидает колледж. Для получения аттестата ему не хватило всего нескольких зачетов.
Задавшись целью начать карьеру в кино, летом 1988 года Фавро перебирается в Чикаго, где вступает вначале в труппу ImrovOlympic, а чуть позже и в Improv Institute. Спустя некоторое время начинающий актер переезжает в Лос-Анджелес, где получает несколько эпизодических ролей в малобюджетных картинах.
Дебютировал на широких экранах Фавро в картине «Руди» (1993), его напарником по съемочной площадке в этой работе был Шон Остин. Тут же Джон знакомится и с еще одним актером, Винсом Воном, сыгравшем одну из второстепенных ролей в этом же фильме.
Приблизительно в это же время у Фавро зародилась идея сценария, который он несколько лет спустя реализует в картине начинающего режиссера Дуга Лимана «Тусовщики» (1997). В этой картине, с бюджетом всего в четверть миллиона долларов, Фавро не только сыграл одну из главных ролей, но и выступил в качестве одного из сопродюсеров картины. Еще одну главную роль в этой картине сыграл, на тот момент уже друг Фавро, Винс Вон. Картина получает достаточно теплые отзывы критиков, и что самое главное, собирает в прокате хорошую кассу. На волне успеха Джон получает приглашение сыграть роль в картине «Очень дикие штучки» (1998) Питера Берга, которая оглушительно проваливается в прокате собрав менее 10 миллионов долларов.
Следующей работой актера становится образ легендарного боксера в телевизионном фильме «Рокки Марчиано» (1999), затем последовали главные роли в комедиях «Дублеры» (2000) и «Любовь и секс» (2000). В 2001 году очередная совместная работа с Винсом Воном в комедии «Все Схвачено» (2001), которая кроме всего прочего стала и режиссерским дебютом Фавро в «большом кино». До этого были две постановки на телевидении «Bad Cop, Bad Cop» (1998) и «Smog» (1999).
В 2000 году Джонатан женился на Джое Тилем, которая родила ему троих детей: Макса, Мадлен и Брайтана Роуз.
В новом тысячелетии Джон Фавро продолжает совмещать работу режиссера с работой актера. Играет роли в картинах: «Сорвиголова» (2003), «Большая пустота» (2003) «Любовь по правилам и без» (2003). Режиссирует фильмы: «Эльф» (2003), «Затура: Космическое приключение» (2005) и, конечно же, коммерческий суперхит «Железный человек» (2008), собравший в мировом кинопрокате более полумиллиарда долларов.
Энергичный режиссер не собирается останавливаться на достигнутом, своих поклонников он ежегодно радует новыми хитами.